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KD树详解及KD树最近邻算法

KD树详解及KD树最近邻算法

参考:http://blog.csdn.net/app_12062011/article/details/51986805
http://www.cnblogs.com/snake-hand/archive/2012/08/13/2636236.html

2.1、什么是KD树

    Kd-树是K-dimension tree的缩写,是对数据点在k维空间(如二维(x,y),三维(x,y,z),k维(x1,y,z..)中划分的一种数据结构,主要应用于多维空间关键数据的搜索(如:范围搜索和最近邻搜索)。本质上说,Kd-树就是一种平衡二叉树。

    首先必须搞清楚的是,k-d树是一种空间划分树,说白了,就是把整个空间划分为特定的几个部分,然后在特定空间的部分内进行相关搜索操作。想像一个三维(多维有点为难你的想象力了)空间,kd树按照一定的划分规则把这个三维空间划分了多个空间,如下图所示:


对于拥有n个已知点的kD-Tree,其复杂度如下:
构建:O(log2n)
插入:O(log n)
删除:O(log n)
查询: O(n 1-1/k +m) m---每次要搜索的最近点个数

KD树数据结构:

域名

数据类型

描述

Node-Data

数据矢量

数据集中某个数据点,是n维矢量

Range

空间矢量

该节点所代表的空间范围

Split

整数

垂直于分割超面的方向轴序号

Left

Kd-tree

由位于该节点分割超面左子空间内所有数据点构成的Kd-树

Right

Kd-tree

由位于该节点分割超面左子空间内所有数据点构成的Kd-树

Parent

Kd-tree

父节点



2.2、KD树的构建

    kd树构建的伪代码如下图所示:

    再举一个简单直观的实例来介绍k-d树构建算法。假设有6个二维数据点{(2,3),(5,4),(9,6),(4,7),(8,1),(7,2)},数据点位于二维空间内,如下图所示。为了能有效的找到最近邻,k-d树采用分而治之的思想,即将整个空间划分为几个小部分,首先,粗黑线将空间一分为二,然后在两个子空间中,细黑直线又将整个空间划分为四部分,最后虚黑直线将这四部分进一步划分。

    6个二维数据点{(2,3),(5,4),(9,6),(4,7),(8,1),(7,2)}构建kd树的具体步骤为:

  1. 确定:split域=x。具体是:6个数据点在x,y维度上的数据方差分别为39,28.63,所以在x轴上方差更大,故split域值为x;
  2. 确定:Node-data = (7,2)。具体是:根据x维上的值将数据排序,6个数据的中值(所谓中值,即中间大小的值)为7,所以Node-data域位数据点(7,2)。这样,该节点的分割超平面就是通过(7,2)并垂直于:split=x轴的直线x=7;
  3. 确定:左子空间和右子空间。具体是:分割超平面x=7将整个空间分为两部分:x<=7的部分为左子空间,包含3个节点={(2,3),(5,4),(4,7)};另一部分为右子空间,包含2个节点={(9,6),(8,1)};
如上算法所述,kd树的构建是一个递归过程,我们对左子空间和右子空间内的数据重复根节点的过程就可以得到一级子节点(5,4)和(9,6),同时将空间和数据集进一步细分,如此往复直到空间中只包含一个数据点。

    与此同时,经过对上面所示的空间划分之后,我们可以看出,点(7,2)可以为根结点,从根结点出发的两条红粗斜线指向的(5,4)和(9,6)则为根结点的左右子结点,而(2,3),(4,7)则为(5,4)的左右孩子(通过两条细红斜线相连),最后,(8,1)为(9,6)的左孩子(通过细红斜线相连)。如此,便形成了下面这样一棵k-d树:

 

    k-d树的数据结构

    针对上表给出的kd树的数据结构,转化成具体代码如下所示(注,本文以下代码分析基于Rob Hess维护的sift库)

[cpp]  view plain copy print ?
  1. /** a node in a k-d tree */  
  2. struct kd_node  
  3. {  
  4.     int ki;                      /**< partition key index *///关键点直方图方差最大向量系列位置  
  5.     double kv;                   /**< partition key value *///直方图方差最大向量系列中最中间模值  
  6.     int leaf;                    /**< 1 if node is a leaf, 0 otherwise */  
  7.     struct feature* features;    /**< features at this node */  
  8.     int n;                       /**< number of features */  
  9.     struct kd_node* kd_left;     /**< left child */  
  10.     struct kd_node* kd_right;    /**< right child */  
  11. };  
[cpp]  view plain copy
print ? 在CODE上查看代码片 派生到我的代码片
  1. /** a node in a k-d tree */  
  2. struct kd_node  
  3. {  
  4.     int ki;                      /**< partition key index *///关键点直方图方差最大向量系列位置  
  5.     double kv;                   /**< partition key value *///直方图方差最大向量系列中最中间模值  
  6.     int leaf;                    /**< 1 if node is a leaf, 0 otherwise */  
  7.     struct feature* features;    /**< features at this node */  
  8.     int n;                       /**< number of features */  
  9.     struct kd_node* kd_left;     /**< left child */  
  10.     struct kd_node* kd_right;    /**< right child */  
  11. };  

    也就是说,如之前所述,kd树中,kd代表k-dimension,每个节点即为一个k维的点。每个非叶节点可以想象为一个分割超平面,用垂直于坐标轴的超平面将空间分为两个部分,这样递归的从根节点不停的划分,直到没有实例为止。经典的构造k-d tree的规则如下:

  1. 随着树的深度增加,循环的选取坐标轴,作为分割超平面的法向量。对于3-d tree来说,根节点选取x轴,根节点的孩子选取y轴,根节点的孙子选取z轴,根节点的曾孙子选取x轴,这样循环下去。
  2. 每次均为所有对应实例的中位数的实例作为切分点,切分点作为父节点,左右两侧为划分的作为左右两子树。

    对于n个实例的k维数据来说,建立kd-tree的时间复杂度为O(k*n*logn)。

    构建完kd树之后,如今进行最近邻搜索呢?从下面的动态gif图中,你是否能看出些许端倪呢?


    k-d树算法可以分为两大部分,除了上部分有关k-d树本身这种数据结构建立的算法,另一部分是在建立的k-d树上各种诸如插入,删除,查找(最邻近查找)等操作涉及的算法。下面,咱们依次来看kd树的插入、删除、查找操作。

2.3、KD树的插入

    元素插入到一个K-D树的方法和二叉检索树类似。本质上,在偶数层比较x坐标值,而在奇数层比较y坐标值。当我们到达了树的底部,(也就是当一个空指针出现),我们也就找到了结点将要插入的位置。生成的K-D树的形状依赖于结点插入时的顺序。给定N个点,其中一个结点插入和检索的平均代价是O(log2N)。

    下面4副图(来源:中国地质大学电子课件)说明了插入顺序为(a) Chicago, (b) Mobile, (c) Toronto, and (d) Buffalo,建立空间K-D树的示例:


    应该清楚,这里描述的插入过程中,每个结点将其所在的平面分割成两部分。因比,Chicago 将平面上所有结点分成两部分,一部分所有的结点x坐标值小于35,另一部分结点的x坐标值大于或等于35。同样Mobile将所有x坐标值大于35的结点以分成两部分,一部分结点的Y坐标值是小于10,另一部分结点的Y坐标值大于或等于10。后面的Toronto、Buffalo也按照一分为二的规则继续划分。

2.4、KD树的删除

KD树的删除可以用递归程序来实现。我们假设希望从K-D树中删除结点(a,b)。如果(a,b)的两个子树都为空,则用空树来代替(a,b)。否则,在(a,b)的子树中寻找一个合适的结点来代替它,譬如(c,d),则递归地从K-D树中删除(c,d)。一旦(c,d)已经被删除,则用(c,d)代替(a,b)。假设(a,b)是一个X识别器,那么, 它得替代节点要么是(a,b)左子树中的X坐标最大值的结点,要么是(a,b)右子树中x坐标最小值的结点
也就是说,跟普通二叉树( 包括如下图所示的红黑树)结点的删除是同样的思想:用被删除节点A的左子树的最右节点或者A的右子树的最左节点作为替代A的节点( 比如,下图红黑树中,若要删除根结点26,第一步便是用23或28取代根结点26)。
当(a,b)的右子树为空时,找到(a,b)左子树中具有x坐标最大的结点,譬如(c,d),将(a,b)的左子树放到(c,d)的右子树中,且在树中从它的上一层递归地应用删除过程(也就是(a,b)的左子树) 。
下面来举一个实际的例子( 来源:中国地质大学电子课件,原课件错误已经在下文中订正),如下图所示,原始图像及对应的kd树,现在要删除图中的A结点,请看一系列删除步骤:
要删除上图中结点A,选择结点A的右子树中X坐标值最小的结点,这里是C,C成为根,如下图:
从C的右子树中找出一个结点代替先前C的位置,
这里是D,并将D的左子树转为它的右子树,D代替先前C的位置,如下图:
在D的新右子树中,找X坐标最小的结点,这里为H,H代替D的位置,
在D的右子树中找到一个Y坐标最小的值,这里是I,将I代替原先H的位置,从而A结点从图中顺利删除,如下图所示:
从一个K-D树中删除结点(a,b)的问题变成了在(a,b)的子树中寻找x坐标为最小的结点。不幸的是寻找最小x坐标值的结点比二叉检索树中解决类似的问题要复杂得多。特别是虽然最小x坐标值的结点一定在x识别器的左子树中,但它同样可在y识别器的两个子树中。因此关系到检索,且必须注意检索坐标,以使在每个奇数层仅检索2个子树中的一个。
    从K-D树中删除一个结点是代价很高的,很清楚删除子树的根受到子树中结点个数的限制。用TPL(T)表示树T总的路径长度。可看出树中子树大小的总和为TPL(T)+N。 以随机方式插入N个点形成树的TPL是O(N*log2N),这就意味着从一个随机形成的K-D树中删除一个随机选取的结点平均代价的上界是O(log2N) 。

2.5、KD树的最近邻搜索算法

    现实生活中有许多问题需要在多维数据的快速分析和快速搜索,对于这个问题最常用的方法是所谓的kd树。在k-d树中进行数据的查找也是特征匹配的重要环节,其目的是检索在k-d树中与查询点距离最近的数据点。在一个N维的笛卡儿空间在两个点之间的距离是由下述公式确定:

[cpp]  view plain copy
print ? 在CODE上查看代码片 派生到我的代码片
  1. void innerGetClosest(NODE* pNode, PT point, PT& res, int& nMinDis)  
  2. {  
  3.     if (NULL == pNode)  
  4.         return;  
  5.     int nCurDis = abs(point.x - pNode->pt.x) + abs(point.y - pNode->pt.y);  
  6.     if (nMinDis < 0 || nCurDis < nMinDis)  
  7.     {  
  8.         nMinDis = nCurDis;  
  9.         res = pNode->pt;  
  10.     }  
  11.     if (pNode->splitX && point.x <= pNode->pt.x || !pNode->splitX && point.y <= pNode->pt.y)  
  12.         innerGetClosest(pNode->pLft, point, res, nMinDis);  
  13.     else  
  14.         innerGetClosest(pNode->pRgt, point, res, nMinDis);  
  15.     int rang = pNode->splitX ? abs(point.x - pNode->pt.x) : abs(point.y - pNode->pt.y);  
  16.     if (rang > nMinDis)  
  17.         return;  
  18.     NODE* pGoInto = pNode->pLft;  
  19.     if (pNode->splitX && point.x > pNode->pt.x || !pNode->splitX && point.y > pNode->pt.y)  
  20.         pGoInto = pNode->pRgt;  
  21.     innerGetClosest(pGoInto, point, res, nMinDis);  
  22. }  

下面,以两个简单的实例(例子来自图像局部不变特性特征与描述一书)来描述最邻近查找的基本思路。

2.5.1、举例:查询点(2.1,3.1)

    星号表示要查询的点(2.1,3.1)。通过二叉搜索,顺着搜索路径很快就能找到最邻近的近似点,也就是叶子节点(2,3)。而找到的叶子节点并不一定就是最邻近的,最邻近肯定距离查询点更近,应该位于以查询点为圆心且通过叶子节点的圆域内。为了找到真正的最近邻,还需要进行相关的‘回溯'操作。也就是说,算法首先沿搜索路径反向查找是否有距离查询点更近的数据点。

    以查询(2.1,3.1)为例:

  1. 二叉树搜索:先从(7,2)点开始进行二叉查找,然后到达(5,4),最后到达(2,3),此时搜索路径中的节点为<(7,2),(5,4),(2,3)>,首先以(2,3)作为当前最近邻点,计算其到查询点(2.1,3.1)的距离为0.1414,
  2. 回溯查找:在得到(2,3)为查询点的最近点之后,回溯到其父节点(5,4),并判断在该父节点的其他子节点空间中是否有距离查询点更近的数据点。以(2.1,3.1)为圆心,以0.1414为半径画圆,如下图所示。发现该圆并不和超平面y = 4交割,因此不用进入(5,4)节点右子空间中(图中灰色区域)去搜索;
  3. 最后,再回溯到(7,2),以(2.1,3.1)为圆心,以0.1414为半径的圆更不会与x = 7超平面交割,因此不用进入(7,2)右子空间进行查找。至此,搜索路径中的节点已经全部回溯完,结束整个搜索,返回最近邻点(2,3),最近距离为0.1414。


2.5.2、举例:查询点2,4.5

    一个复杂点了例子如查找点为(2,4.5),具体步骤依次如下:

  1. 同样先进行二叉查找,先从(7,2)查找到(5,4)节点,在进行查找时是由y = 4为分割超平面的,由于查找点为y值为4.5,因此进入右子空间查找到(4,7),形成搜索路径<(7,2),(5,4),(4,7)>,但(4,7)与目标查找点的距离为3.202,而(5,4)与查找点之间的距离为3.041,所以(5,4)为查询点的最近点;
  2. 以(2,4.5)为圆心,以3.041为半径作圆,如下图所示。可见该圆和y = 4超平面交割,所以需要进入(5,4)左子空间进行查找,也就是将(2,3)节点加入搜索路径中得<(7,2),(2,3)>;于是接着搜索至(2,3)叶子节点,(2,3)距离(2,4.5)比(5,4)要近,所以最近邻点更新为(2,3),最近距离更新为1.5;
  3. 回溯查找至(5,4),直到最后回溯到根结点(7,2)的时候,以(2,4.5)为圆心1.5为半径作圆,并不和x = 7分割超平面交割,如下图所示。至此,搜索路径回溯完,返回最近邻点(2,3),最近距离1.5。

    上述两次实例表明,当查询点的邻域与分割超平面两侧空间交割时,需要查找另一侧子空间,导致检索过程复杂,效率下降。

一般来讲,最临近搜索只需要检测几个叶子结点即可,如下图所示:  

但是,如果当实例点的分布比较糟糕时,几乎要遍历所有的结点,如下所示:

    研究表明N个节点的K维k-d树搜索过程时间复杂度为:tworst=O(kN1-1/k)。

    同时,以上为了介绍方便,讨论的是二维或三维情形。但在实际的应用中,如SIFT特征矢量128维,SURF特征矢量64维,维度都比较大,直接利用k-d树快速检索(维数不超过20)的性能急剧下降,几乎接近贪婪线性扫描。假设数据集的维数为D,一般来说要求数据的规模N满足N»2D,才能达到高效的搜索。所以这就引出了一系列对k-d树算法的改进:BBF算法,和一系列M树、VP树、MVP树等高维空间索引树(下文2.6节kd树近邻搜索算法的改进:BBF算法,与2.7节球树、M树、VP树、MVP树)。

2.6、kd树近邻搜索算法的改进:BBF算法

    咱们顺着上一节的思路,参考统计学习方法一书上的内容,再来总结下kd树的最近邻搜索算法:

输入:以构造的kd树,目标点x;
输出:x 的最近邻
算法步骤如下:
  1. 在kd树种找出包含目标点x的叶结点:从根结点出发,递归地向下搜索kd树。若目标点x当前维的坐标小于切分点的坐标,则移动到左子结点,否则移动到右子结点,直到子结点为叶结点为止。
  2. 以此叶结点为“当前最近点”。
  3. 递归的向上回溯,在每个结点进行以下操作:
    (a)如果该结点保存的实例点比当前最近点距离目标点更近,则更新“当前最近点”,也就是说以该实例点为“当前最近点”。
    (b)当前最近点一定存在于该结点一个子结点对应的区域,检查子结点的父结点的另一子结点对应的区域是否有更近的点。具体做法是,检查另一子结点对应的区域是否以目标点位球心,以目标点与“当前最近点”间的距离为半径的圆或超球体相交:
    如果相交,可能在另一个子结点对应的区域内存在距目标点更近的点,移动到另一个子结点,接着,继续递归地进行最近邻搜索;
    如果不相交,向上回溯。
  4. 回退到根结点时,搜索结束,最后的“当前最近点”即为x 的最近邻点。

    如果实例点是随机分布的,那么kd树搜索的平均计算复杂度是O(NlogN),这里的N是训练实例树。所以说,kd树更适用于训练实例数远大于空间维数时的k近邻搜索,当空间维数接近训练实例数时,它的效率会迅速下降,一降降到“解放前”:线性扫描的速度。

    也正因为上述k最近邻搜索算法的第4个步骤中的所述:“回退到根结点时,搜索结束”,每个最近邻点的查询比较完成过程最终都要回退到根结点而结束,而导致了许多不必要回溯访问和比较到的结点,这些多余的损耗在高维度数据查找的时候,搜索效率将变得相当之地下,那有什么办法可以改进这个原始的kd树最近邻搜索算法呢?

    从上述标准的kd树查询过程可以看出其搜索过程中的“回溯”是由“查询路径”决定的,并没有考虑查询路径上一些数据点本身的一些性质。一个简单的改进思路就是将“查询路径”上的结点进行排序,如按各自分割超平面(也称bin)与查询点的距离排序,也就是说,回溯检查总是从优先级最高(Best Bin)的树结点开始。

    针对此BBF机制,读者Feng&书童点评道:

  1. 在某一层,分割面是第ki维,分割值是kv,那么 abs(q[ki]-kv) 就是没有选择的那个分支的优先级,也就是计算的是那一维上的距离;
  2. 同时,从优先队列里面取节点只在某次搜索到叶节点后才发生,计算过距离的节点不会出现在队列的,比如1~10这10个节点,你第一次搜索到叶节点的路径是1-5-7,那么1,5,7是不会出现在优先队列的。换句话说,优先队列里面存的都是查询路径上节点对应的相反子节点,比如:搜索左子树,就把对应这一层的右节点存进队列。

    如此,就引出了本节要讨论的kd树最近邻搜索算法的改进:BBF(Best-Bin-First)查询算法,它是由发明sift算法的David Lowe在1997的一篇文章中针对高维数据提出的一种近似算法,此算法能确保优先检索包含最近邻点可能性较高的空间,此外,BBF机制还设置了一个运行超时限定。采用了BBF查询机制后,kd树便可以有效的扩展到高维数据集上。

    伪代码如下图所示(图取自图像局部不变特性特征与描述一书):

    还是以上面的查询(2,4.5)为例,搜索的算法流程为:

  1. 将(7,2)压人优先队列中;
  2. 提取优先队列中的(7,2),由于(2,4.5)位于(7,2)分割超平面的左侧,所以检索其左子结点(5,4)。同时,根据BBF机制”搜索左/右子树,就把对应这一层的兄弟结点即右/左结点存进队列”,将其(5,4)对应的兄弟结点即右子结点(9,6)压人优先队列中,此时优先队列为{(9,6)},最佳点为(7,2);然后一直检索到叶子结点(4,7),此时优先队列为{(2,3),(9,6)},“最佳点”则为(5,4);
  3. 提取优先级最高的结点(2,3),重复步骤2,直到优先队列为空。
    如你在下图所见到的那样(话说,用鼠标在图片上写字着实不好写):

2.7、球树、M树、VP树、MVP树

2.7.1、球树

    咱们来针对上文内容总结回顾下,针对下面这样一棵kd树:

    现要找它的最近邻。

    通过上文2.5节,总结来说,我们已经知道:

1、为了找到一个给定目标点的最近邻,需要从树的根结点开始向下沿树找出目标点所在的区域,如下图所示,给定目标点,用星号标示,我们似乎一眼看出,有一个点离目标点最近,因为它落在以目标点为圆心以较小长度为半径的虚线圆内,但为了确定是否可能还村庄一个最近的近邻,我们会先检查叶节点的同胞结点,然叶节点的同胞结点在图中所示的阴影部分,虚线圆并不与之相交,所以确定同胞叶结点不可能包含更近的近邻。

2、于是我们回溯到父节点,并检查父节点的同胞结点,父节点的同胞结点覆盖了图中所有横线X轴上的区域。因为虚线圆与右上方的矩形(KD树把二维平面划分成一个一个矩形)相交...

    如上,我们看到,KD树是可用于有效寻找最近邻的一个树结构,但这个树结构其实并不完美,当处理不均匀分布的数据集时便会呈现出一个基本冲突:既邀请树有完美的平衡结构,又要求待查找的区域近似方形,但不管是近似方形,还是矩形,甚至正方形,都不是最好的使用形状,因为他们都有角。

        

    什么意思呢?就是说,在上图中,如果黑色的实例点离目标点星点再远一点,那么势必那个虚线圆会如红线所示那样扩大,以致与左上方矩形的右下角相交,既然相交了,那么势必又必须检查这个左上方矩形,而实际上,最近的点离星点的距离很近,检查左上方矩形区域已是多余。于此我们看见,KD树把二维平面划分成一个一个矩形,但矩形区域的角却是个难以处理的问题。

    解决的方案就是使用如下图所示的球树:

先从球中选择一个离球的中心最远的点,然后选择第二个点离第一个点最远,将球中所有的点分配到离这两个聚类中心最近的一个上,然后计算每个聚类的中心,以及聚类能够包含它所有数据点所需的最小半径。这种方法的优点是分裂一个包含n个殊绝点的球的成本只是随n呈线性增加。

    使用球树找出给定目标点的最近邻方法是,首先自上而下贯穿整棵树找出包含目标点所在的叶子,并在这个球里找出与目标点最靠近的点,这将确定出目标点距离它的最近邻点的一个上限值,然后跟KD树查找一样,检查同胞结点,如果目标点到同胞结点中心的距离超过同胞结点的半径与当前的上限值之和,那么同胞结点里不可能存在一个更近的点;否则的话,必须进一步检查位于同胞结点以下的子树。

    如下图,目标点还是用一个星表示,黑色点是当前已知的的目标点的最近邻,灰色球里的所有内容将被排除,因为灰色球的中心点离的太远,所以它不可能包含一个更近的点,像这样,递归的向树的根结点进行回溯处理,检查所有可能包含一个更近于当前上限值的点的球。

    球树是自上而下的建立,和KD树一样,根本问题就是要找到一个好的方法将包含数据点集的球分裂成两个,在实践中,不必等到叶子结点只有两个胡数据点时才停止,可以采用和KD树一样的方法,一旦结点上的数据点打到预先设置的最小数量时,便可提前停止建树过程。

    也就是上面所述,先从球中选择一个离球的中心最远的点,然后选择第二个点离第一个点最远,将球中所有的点分配到离这两个聚类中心最近的一个上,然后计算每个聚类的中心,以及聚类能够包含它所有数据点所需的最小半径。这种方法的优点是分裂一个包含n个殊绝点的球的成本只是随n呈线性增加(注:本小节内容主要来自参考条目19:数据挖掘实用机器学习技术,[新西兰]Ian H.Witten 著,第4章4.7节)。

2.7.2、VP树与MVP树简介

    高维特征向量的距离索引问题是基于内容的图像检索的一项关键技术,目前经常采用的解决办法是首先对高维特征空间做降维处理,然后采用包括四叉树、kd树、R树族等在内的主流多维索引结构,这种方法的出发点是:目前的主流多维索引结构在处理维数较低的情况时具有比较好的效率,但对于维数很高的情况则显得力不从心(即所谓的维数危机) 。

    实验结果表明当特征空间的维数超过20 的时候,效率明显降低,而可视化特征往往采用高维向量描述,一般情况下可以达到10^2的量级,甚至更高。在表示图像可视化特征的高维向量中各维信息的重要程度是不同的,通过降维技术去除属于次要信息的特征向量以及相关性较强的特征向量,从而降低特征空间的维数,这种方法已经得到了一些实际应用。

    然而这种方法存在不足之处采用降维技术可能会导致有效信息的损失,尤其不适合于处理特征空间中的特征向量相关性很小的情况。另外主流的多维索引结构大都针对欧氏空间,设计需要利用到欧氏空间的几何性质,而图像的相似性计算很可能不限于基于欧氏距离。这种情况下人们越来越关注基于距离的度量空间高维索引结构可以直接应用于高维向量相似性查询问题。

    度量空间中对象之间的距离度量只能利用三角不等式性质,而不能利用其他几何性质。向量空间可以看作由实数坐标串组成的特殊度量空间,目前针对度量空间的高维索引问题提出的索引结构有很多种大致可以作如下分类,如下图所示:

其中,VP树和MVP树中特征向量的举例表示为:

     读者点评:

  1. UESTC_HN_AY_GUOBO:现在主要是在kdtree的基础上有了mtree或者mvptree,其实关键还是pivot的选择,以及度量空间中算法怎么减少距离计算;
  2. mandycool:mvp-tree,是利用三角形不等式来缩小搜索区域的,不过mvp-tree的目标稍有不同,查询的是到query点的距离小于某个值r的点;另外作者test的数据集只有20维,不知道上百维以后效果如何,而减少距离计算的一个思路是做embedding,通过不等式排除掉一部分点。

    更多内容请参见论文1:DIST ANCE-BASED INDEXING FOR HIGH-DIMENSIONAL METRIC SP ACES,作者:Tolga Bozkaya & Meral Ozsoyoglu,及论文2:基于度量空间高维索引结构VP-tree及MVP-tree的图像检索王志强,甘国辉,程起敏

    当然,如果你觉得上述论文还不够满足你胃口的话,这里有一大堆nearest neighbor algorithms相关的论文可供你看:http://scholar.google.com.hk/scholar?q=nearest+neighbor+algorithms&btnG=&hl=zh-CN&as_sdt=0&as_vis=1(其中,这篇可以看下Spill-Trees,An investigation of practical approximate nearest neighbor algorithms。

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  1. #include <iostream>  
  2. #include <vector>  
  3. #include <algorithm>  
  4. #include <string>  
  5. #include <cmath>  
  6. using namespace std;  
  7.   
  8.   
  9.   
  10.   
  11. struct KdTree{  
  12.     vector<double> root;  
  13.     KdTree* parent;  
  14.     KdTree* leftChild;  
  15.     KdTree* rightChild;  
  16.     //默认构造函数  
  17.     KdTree(){parent = leftChild = rightChild = NULL;}  
  18.     //判断kd树是否为空  
  19.     bool isEmpty()  
  20.     {  
  21.         return root.empty();  
  22.     }  
  23.     //判断kd树是否只是一个叶子结点  
  24.     bool isLeaf()  
  25.     {  
  26.         return (!root.empty()) &&   
  27.             rightChild == NULL && leftChild == NULL;  
  28.     }  
  29.     //判断是否是树的根结点  
  30.     bool isRoot()  
  31.     {  
  32.         return (!isEmpty()) && parent == NULL;  
  33.     }  
  34.     //判断该子kd树的根结点是否是其父kd树的左结点  
  35.     bool isLeft()  
  36.     {  
  37.         return parent->leftChild->root == root;  
  38.     }  
  39.     //判断该子kd树的根结点是否是其父kd树的右结点  
  40.     bool isRight()  
  41.     {  
  42.         return parent->rightChild->root == root;  
  43.     }  
  44. };  
  45.   
  46. int data[6][2] = {{2,3},{5,4},{9,6},{4,7},{8,1},{7,2}};  
  47.   
  48. template<typename T>  
  49. vector<vector<T> > Transpose(vector<vector<T> > Matrix)  
  50. {  
  51.     unsigned row = Matrix.size();  
  52.     unsigned col = Matrix[0].size();  
  53.     vector<vector<T> > Trans(col,vector<T>(row,0));  
  54.     for (unsigned i = 0; i < col; ++i)  
  55.     {  
  56.         for (unsigned j = 0; j < row; ++j)  
  57.         {  
  58.             Trans[i][j] = Matrix[j][i];  
  59.         }  
  60.     }  
  61.     return Trans;  
  62. }  
  63.   
  64. template <typename T>  
  65. T findMiddleValue(vector<T> vec)  
  66. {  
  67.     sort(vec.begin(),vec.end());  
  68.     auto pos = vec.size() / 2;  
  69.     return vec[pos];  
  70. }  
  71.   
  72.   
  73. //构建kd树  
  74. void buildKdTree(KdTree* tree, vector<vector<double> > data, unsigned depth)  
  75. {  
  76.   
  77.     //样本的数量  
  78.     unsigned samplesNum = data.size();  
  79.     //终止条件  
  80.     if (samplesNum == 0)  
  81.     {  
  82.         return;  
  83.     }  
  84.     if (samplesNum == 1)  
  85.     {  
  86.         tree->root = data[0];  
  87.         return;  
  88.     }  
  89.     //样本的维度  
  90.     unsigned k = data[0].size();  
  91.     vector<vector<double> > transData = Transpose(data);  
  92.     //选择切分属性  
  93.     unsigned splitAttribute = depth % k;  
  94.     vector<double> splitAttributeValues = transData[splitAttribute];  
  95.     //选择切分值  
  96.     double splitValue = findMiddleValue(splitAttributeValues);  
  97.     //cout << "splitValue" << splitValue  << endl;  
  98.   
  99.     // 根据选定的切分属性和切分值,将数据集分为两个子集  
  100.     vector<vector<double> > subset1;  
  101.     vector<vector<double> > subset2;  
  102.     for (unsigned i = 0; i < samplesNum; ++i)  
  103.     {  
  104.         if (splitAttributeValues[i] == splitValue && tree->root.empty())  
  105.             tree->root = data[i];  
  106.         else  
  107.         {  
  108.             if (splitAttributeValues[i] < splitValue)  
  109.                 subset1.push_back(data[i]);  
  110.             else  
  111.                 subset2.push_back(data[i]);  
  112.         }  
  113.     }  
  114.   
  115.     //子集递归调用buildKdTree函数  
  116.   
  117.     tree->leftChild = new KdTree;  
  118.     tree->leftChild->parent = tree;  
  119.     tree->rightChild = new KdTree;  
  120.     tree->rightChild->parent = tree;  
  121.     buildKdTree(tree->leftChild, subset1, depth + 1);  
  122.     buildKdTree(tree->rightChild, subset2, depth + 1);  
  123. }  
  124.   
  125. //逐层打印kd树  
  126. void printKdTree(KdTree *tree, unsigned depth)  
  127. {  
  128.     for (unsigned i = 0; i < depth; ++i)  
  129.         cout << "\t";  
  130.               
  131.     for (vector<double>::size_type j = 0; j < tree->root.size(); ++j)  
  132.         cout << tree->root[j] << ",";  
  133.     cout << endl;  
  134.     if (tree->leftChild == NULL && tree->rightChild == NULL )//叶子节点  
  135.         return;  
  136.     else //非叶子节点  
  137.     {  
  138.         if (tree->leftChild != NULL)  
  139.         {  
  140.             for (unsigned i = 0; i < depth + 1; ++i)  
  141.                 cout << "\t";  
  142.             cout << " left:";  
  143.             printKdTree(tree->leftChild, depth + 1);  
  144.         }  
  145.               
  146.         cout << endl;  
  147.         if (tree->rightChild != NULL)  
  148.         {  
  149.             for (unsigned i = 0; i < depth + 1; ++i)  
  150.                 cout << "\t";  
  151.             cout << "right:";  
  152.             printKdTree(tree->rightChild, depth + 1);  
  153.         }  
  154.         cout << endl;  
  155.     }  
  156. }  
  157.   
  158.   
  159. //计算空间中两个点的距离  
  160. double measureDistance(vector<double> point1, vector<double> point2, unsigned method)  
  161. {  
  162.     if (point1.size() != point2.size())  
  163.     {  
  164.         cerr << "Dimensions don't match!!" ;  
  165.         exit(1);  
  166.     }  
  167.     switch (method)  
  168.     {  
  169.         case 0://欧氏距离  
  170.             {  
  171.                 double res = 0;  
  172.                 for (vector<double>::size_type i = 0; i < point1.size(); ++i)  
  173.                 {  
  174.                     res += pow((point1[i] - point2[i]), 2);  
  175.                 }  
  176.                 return sqrt(res);  
  177.             }  
  178.         case 1://曼哈顿距离  
  179.             {  
  180.                 double res = 0;  
  181.                 for (vector<double>::size_type i = 0; i < point1.size(); ++i)  
  182.                 {  
  183.                     res += abs(point1[i] - point2[i]);  
  184.                 }  
  185.                 return res;  
  186.             }  
  187.         default:  
  188.             {  
  189.                 cerr << "Invalid method!!" << endl;  
  190.                 return -1;  
  191.             }  
  192.     }  
  193. }  
  194. //在kd树tree中搜索目标点goal的最近邻  
  195. //输入:目标点;已构造的kd树  
  196. //输出:目标点的最近邻  
  197. vector<double> searchNearestNeighbor(vector<double> goal, KdTree *tree)  
  198. {  
  199.     /*第一步:在kd树中找出包含目标点的叶子结点:从根结点出发, 
  200.     递归的向下访问kd树,若目标点的当前维的坐标小于切分点的 
  201.     坐标,则移动到左子结点,否则移动到右子结点,直到子结点为 
  202.     叶结点为止,以此叶子结点为“当前最近点” 
  203.     */  
  204.     unsigned k = tree->root.size();//计算出数据的维数  
  205.     unsigned d = 0;//维度初始化为0,即从第1维开始  
  206.     KdTree* currentTree = tree;  
  207.     vector<double> currentNearest = currentTree->root;  
  208.     while(!currentTree->isLeaf())  
  209.     {  
  210.         unsigned index = d % k;//计算当前维  
  211.         if (currentTree->rightChild->isEmpty() || goal[index] < currentNearest[index])  
  212.         {  
  213.             currentTree = currentTree->leftChild;  
  214.         }  
  215.         else  
  216.         {  
  217.             currentTree = currentTree->rightChild;  
  218.         }  
  219.         ++d;  
  220.     }  
  221.     currentNearest = currentTree->root;  
  222.   
  223.     /*第二步:递归地向上回退, 在每个结点进行如下操作: 
  224.     (a)如果该结点保存的实例比当前最近点距离目标点更近,则以该例点为“当前最近点” 
  225.     (b)当前最近点一定存在于某结点一个子结点对应的区域,检查该子结点的父结点的另 
  226.     一子结点对应区域是否有更近的点(即检查另一子结点对应的区域是否与以目标点为球 
  227.     心、以目标点与“当前最近点”间的距离为半径的球体相交);如果相交,可能在另一 
  228.     个子结点对应的区域内存在距目标点更近的点,移动到另一个子结点,接着递归进行最 
  229.     近邻搜索;如果不相交,向上回退*/  
  230.   
  231.     //当前最近邻与目标点的距离  
  232.     double currentDistance = measureDistance(goal, currentNearest, 0);  
  233.   
  234.     //如果当前子kd树的根结点是其父结点的左孩子,则搜索其父结点的右孩子结点所代表  
  235.     //的区域,反之亦反  
  236.     KdTree* searchDistrict;  
  237.     if (currentTree->isLeft())  
  238.     {  
  239.         if (currentTree->parent->rightChild == NULL)  
  240.             searchDistrict = currentTree;  
  241.         else  
  242.             searchDistrict = currentTree->parent->rightChild;  
  243.     }  
  244.     else  
  245.     {  
  246.         searchDistrict = currentTree->parent->leftChild;  
  247.     }  
  248.   
  249.     //如果搜索区域对应的子kd树的根结点不是整个kd树的根结点,继续回退搜索  
  250.     while (searchDistrict->parent != NULL)  
  251.     {  
  252.         //搜索区域与目标点的最近距离  
  253.         double districtDistance = abs(goal[(d+1)%k] - searchDistrict->parent->root[(d+1)%k]);  
  254.   
  255.         //如果“搜索区域与目标点的最近距离”比“当前最近邻与目标点的距离”短,表明搜索  
  256.         //区域内可能存在距离目标点更近的点  
  257.         if (districtDistance < currentDistance )//&& !searchDistrict->isEmpty()  
  258.         {  
  259.   
  260.             double parentDistance = measureDistance(goal, searchDistrict->parent->root, 0);  
  261.   
  262.             if (parentDistance < currentDistance)  
  263.             {  
  264.                 currentDistance = parentDistance;  
  265.                 currentTree = searchDistrict->parent;  
  266.                 currentNearest = currentTree->root;  
  267.             }  
  268.             if (!searchDistrict->isEmpty())  
  269.             {  
  270.                 double rootDistance = measureDistance(goal, searchDistrict->root, 0);  
  271.                 if (rootDistance < currentDistance)  
  272.                 {  
  273.                     currentDistance = rootDistance;  
  274.                     currentTree = searchDistrict;  
  275.                     currentNearest = currentTree->root;  
  276.                 }  
  277.             }  
  278.             if (searchDistrict->leftChild != NULL)  
  279.             {  
  280.                 double leftDistance = measureDistance(goal, searchDistrict->leftChild->root, 0);  
  281.                 if (leftDistance < currentDistance)  
  282.                 {  
  283.                     currentDistance = leftDistance;  
  284.                     currentTree = searchDistrict;  
  285.                     currentNearest = currentTree->root;  
  286.                 }  
  287.             }  
  288.             if (searchDistrict->rightChild != NULL)  
  289.             {  
  290.                 double rightDistance = measureDistance(goal, searchDistrict->rightChild->root, 0);  
  291.                 if (rightDistance < currentDistance)  
  292.                 {  
  293.                     currentDistance = rightDistance;  
  294.                     currentTree = searchDistrict;  
  295.                     currentNearest = currentTree->root;  
  296.                 }  
  297.             }  
  298.         }//end if  
  299.   
  300.         if (searchDistrict->parent->parent != NULL)  
  301.         {  
  302.             searchDistrict = searchDistrict->parent->isLeft()?   
  303.                             searchDistrict->parent->parent->rightChild:  
  304.                             searchDistrict->parent->parent->leftChild;  
  305.         }  
  306.         else  
  307.         {  
  308.             searchDistrict = searchDistrict->parent;  
  309.         }  
  310.         ++d;  
  311.     }//end while  
  312.     return currentNearest;  
  313. }  
  314.   
  315. int main()  
  316. {  
  317.     vector<vector<double> > train(6, vector<double>(2, 0));  
  318.     for (unsigned i = 0; i < 6; ++i)  
  319.         for (unsigned j = 0; j < 2; ++j)  
  320.             train[i][j] = data[i][j];  
  321.   
  322.     KdTree* kdTree = new KdTree;  
  323.     buildKdTree(kdTree, train, 0);  
  324.   
  325.     printKdTree(kdTree, 0);  
  326.   
  327.     vector<double> goal;  
  328.     goal.push_back(3);  
  329.     goal.push_back(4.5);  
  330.     vector<double> nearestNeighbor = searchNearestNeighbor(goal, kdTree);  
  331.     vector<double>::iterator beg = nearestNeighbor.begin();  
  332.     cout << "The nearest neighbor is: ";  
  333.     while(beg != nearestNeighbor.end()) cout << *beg++ << ",";  
  334.     cout << endl;  
  335.     return 0;  
  336. }  

https://www.zydui.com/af122V28BBAFZ.html
>

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